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美章網(wǎng) 資料文庫(kù) 煙酸分子振動(dòng)光譜思考范文

煙酸分子振動(dòng)光譜思考范文

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煙酸分子振動(dòng)光譜思考

《光散射學(xué)報(bào)》2017年第2期

摘要:

實(shí)驗(yàn)測(cè)量了尼克酸分子的拉曼和紅外光譜,用B3LYP混合泛函和cc-PVDZ基組計(jì)算了尼克酸分子的平衡構(gòu)型、振動(dòng)頻率、拉曼和紅外強(qiáng)度。采用GAR2PED程序?qū)δ峥怂岱肿舆M(jìn)行了簡(jiǎn)正振動(dòng)分析,依據(jù)所得勢(shì)能分布對(duì)尼克酸分子的振動(dòng)頻率進(jìn)行了理論歸屬,彌補(bǔ)了以往文獻(xiàn)缺少對(duì)其振動(dòng)模式貢獻(xiàn)進(jìn)行定量研究的不足,提供了更多的振動(dòng)光譜信息。

關(guān)鍵詞:

尼克酸;密度泛函理論;振動(dòng)光譜;簡(jiǎn)正振動(dòng)分析;頻率歸屬

1引言

尼克酸為白色或淡黃色結(jié)晶性粉末,屬于水溶性B族維生素,與煙酰胺一起合稱為維生素PP。最初它是通過氧化尼古丁得到的,因此也稱為尼古丁酸。從結(jié)構(gòu)上看,它是由吡啶在3號(hào)位置連接一個(gè)羧基組成,亦稱為吡啶-3-甲酸。化學(xué)上一般把具有生物活性的全部吡啶-3-甲酸及其衍生物統(tǒng)稱為煙酸。尼克酸在自然界中分布很廣,尤其在動(dòng)物肝臟、酵母、蛋黃、谷物、花生、魚類和綠色蔬菜中含量較高。它被廣泛用于食品、化學(xué)和醫(yī)藥等行業(yè)中。在食品工業(yè)中,可用做去味劑、防腐劑、保色劑和保鮮劑等;在飼料加工行業(yè)中,可提高雞鴨的產(chǎn)蛋率、奶牛產(chǎn)奶量及魚、牛、羊等禽畜的抗病能力和肉的質(zhì)量;在日用化學(xué)工業(yè)中,它可用于合成頭發(fā)生長(zhǎng)促進(jìn)劑、染發(fā)助劑、聚合物穩(wěn)定劑、感光材料的抗氧化劑與抗灰霧劑、電鍍光亮劑及PVC塑料的熱穩(wěn)定劑等;在醫(yī)藥行業(yè)中,它有促進(jìn)細(xì)胞新陳代謝、擴(kuò)張血管、緩解末稍血管痙攣的效果并且有保護(hù)皮膚中的膠原纖維的功效,可用于防治糙皮病和類似的維生素缺乏癥、動(dòng)脈硬化等癥,它作為醫(yī)藥中間體可用于合成治療中樞性呼吸及循環(huán)系統(tǒng)衰竭癥、偏頭痛、高血酯癥、冠心病等疾病的煙酸鉻、煙酰胺、尼 克剎米、煙酸肌醇脂、癸煙酯等數(shù)十種藥物[1-3]。因此對(duì)尼克酸的研究具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。目前有關(guān)尼克酸的研究主要集中在其含量的色譜法測(cè)定、晶體結(jié)構(gòu)[4-5]、二聚體結(jié)構(gòu)與性質(zhì)的分析方面[6],同時(shí)對(duì)尼克酸的表面增強(qiáng)拉曼光譜也有較多的研究[7-10]。振動(dòng)光譜是研究分子結(jié)構(gòu)的重要手段,而密度泛函理論可以從理論上對(duì)分子的振動(dòng)光譜進(jìn)行預(yù)測(cè),因此密度泛函理論在分子光譜的研究領(lǐng)域中應(yīng)用越來越普遍[11-12]。在尼克酸的振動(dòng)光譜分析方面,一直備受關(guān)注,已有一些相關(guān)的研究,比如:2001年,O.Sala測(cè)量了尼克酸水溶液1800~200cm-1波段的拉曼光譜,并對(duì)此波段的振動(dòng)模式進(jìn)行了初步的指認(rèn)[13];2003年,P.Koczoń給出了尼克酸固體粉末3500~3000和1800~1300cm-1波段的紅外、拉曼光譜的實(shí)驗(yàn)頻率及理論歸屬[14];2004年,莫衛(wèi)民等人對(duì)尼克酸的紅外光譜實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行了初步分析[15];2006年,Li-RanWang測(cè)量了尼克酸溶液1700~400cm-1波段的拉曼光譜,并指出當(dāng)溶液呈中性或弱堿性時(shí),尼克酸以離子形式存在于溶液中[16];2009年,韓禮剛也曾結(jié)合GaussView[17]軟件顯示的分子振動(dòng)的動(dòng)畫對(duì)尼克酸的拉曼光譜的振動(dòng)頻率進(jìn)行了初步歸屬[18];2011年,M.Kumar和R.A.Ya-dav對(duì)尼克酸及其N-氧化物的振動(dòng)光譜進(jìn)行了對(duì)比分析,也結(jié)合GaussView軟件給出了經(jīng)驗(yàn)的歸屬[19]。雖然相關(guān)研究較多,但未見到結(jié)合密度泛函理論與簡(jiǎn)正振動(dòng)分析程序?qū)δ峥怂岬睦⒓t外光譜的全部波段進(jìn)行全面歸屬的文獻(xiàn),前人的討論均未能定量的給出每種基團(tuán)特征振動(dòng)模式的貢獻(xiàn)百分比。基于此,在實(shí)驗(yàn)測(cè)定尼克酸分子的紅外和拉曼光譜的基礎(chǔ)上,結(jié)合密度泛函理論和簡(jiǎn)正振動(dòng)模式分解的分析方法,來獲得各基團(tuán)特征振動(dòng)模式的勢(shì)能分布,從而對(duì)尼克酸分子的振動(dòng)光譜進(jìn)行了比較全面的歸屬。

2實(shí)驗(yàn)

實(shí)驗(yàn)中用于測(cè)試的尼克酸樣品購(gòu)于北京化工廠,純度大于98%,未經(jīng)進(jìn)一步提純。紅外光譜采用的是KBr壓片制作,使用BIO-RAD60V型傅立葉變換紅外光譜儀測(cè)量,光譜分辨率為1cm-1。拉曼光譜使用LabRamHR800型共焦顯微拉曼光譜儀測(cè)量,激光光源為氬離子激光器的514.5nm,到達(dá)樣品表面的功率為3mW,50倍物鏡,1800gr/mm的高分辨率閃耀衍射光柵,數(shù)據(jù)采集時(shí)間為30秒。

3計(jì)算方法

尼克酸是由吡啶在3號(hào)位被羧酸基團(tuán)取代而成,雖然只有1個(gè)取代基團(tuán),但由于羧酸基團(tuán)相對(duì)于吡啶環(huán)、羥基基團(tuán)相對(duì)于羰基基團(tuán)朝向的不同,尼克酸會(huì)出現(xiàn)4種構(gòu)型。為了找到尼克酸分子的最穩(wěn)定構(gòu)型,采用Gaussian09[20]程序包、密度泛函理論方法(DFT)和B3LYP/6-311G(d,p)基組,計(jì)算了4種構(gòu)型的能量和頻率,發(fā)現(xiàn)除了(d)構(gòu)型有虛頻外,其它三種構(gòu)型均無虛頻。圖1是計(jì)算所得尼克酸分子4種構(gòu)型的示意圖。每種構(gòu)型對(duì)應(yīng)的能量分別為:(a)-436.865910a.u.;(b)-436.865554a.u.;(c)-436.853413a.u.;(d)-436.855636a.u.,通過比較,可以看到構(gòu)型(a)能量最低、最穩(wěn)定,李會(huì)學(xué)等人[6]通過過渡態(tài)的分析也確定了構(gòu)型(a)最穩(wěn)定,同時(shí)M.P.Gupta[4]、W.B.Wright[5]等人報(bào)道的晶體結(jié)構(gòu)也得出了同樣的結(jié)論,故此本文以下分析和討論是基于構(gòu)型(a)展開的。為了對(duì)簡(jiǎn)正振動(dòng)頻率做出正確的歸屬,采用更大的基組B3LYP/cc-PVDZ對(duì)構(gòu)型(a)進(jìn)行了進(jìn)一步的結(jié)構(gòu)優(yōu)化和頻率計(jì)算。尼克酸分子共有14個(gè)原子,42個(gè)笛卡爾坐標(biāo)和36個(gè)簡(jiǎn)正振動(dòng)頻率。根據(jù)分子的對(duì)稱性和P.Pulay提出的方法[21-22],構(gòu)造出一套共36個(gè)獨(dú)立、完備的局域?qū)ΨQ坐標(biāo),如表1所示。最后由GAR2PED軟件[23]讀取Gaussian程序的輸出文件,得到每個(gè)簡(jiǎn)正振動(dòng)模式在各對(duì)稱坐標(biāo)上的勢(shì)能分布百分比,判斷出每種基團(tuán)特征振動(dòng)模式的貢獻(xiàn),從而完成各簡(jiǎn)正頻率的歸屬指認(rèn)。

4結(jié)果與討論

4.1尼克酸分子的平衡構(gòu)型

據(jù)我們所知,尼克酸分子的結(jié)構(gòu)在氣相中尚未確定,但固體狀態(tài)的晶體結(jié)構(gòu)已經(jīng)由M.P.Gup-ta等人[4]進(jìn)行了報(bào)道,理論和實(shí)驗(yàn)結(jié)構(gòu)參數(shù)的對(duì)比如表2所示。尼克酸是一個(gè)含氮原子的六元雜環(huán)化合物,是吡啶衍生物的一種。由于存在氮原子,使得分子中的六元環(huán)狀結(jié)構(gòu)略顯不規(guī)則,C1-N6、C5-N6鍵長(zhǎng)較C1-C2、C2-C3、C3-C4、C4-C5略短;鍵角C4-C5-N6、N6-C1-C2略大于C1-C2-C3、C2-C3-C4、C3-C4-C5、C5-N6-C1。換言之,吡啶環(huán)上圍繞著氮原子的鍵長(zhǎng)和鍵角與苯環(huán)相比,均有較大變化。這一方面是因?yàn)榈幼陨淼挠绊懀硪环矫媸且驗(yàn)榱u基與氮原子形成O-H…N分子間氫鍵的緣故。忽略羧基,吡啶環(huán)上C-C、C-N鍵長(zhǎng)的理論值與實(shí)驗(yàn)值的均方根偏差(RMSD)是0.019,鍵角的偏差是0.72°。考慮羧基,尼克酸分子鍵長(zhǎng)的均方根偏差是0.028,鍵角的偏差是1.82°。偏差最大的兩個(gè)角是C4-C7-O8和C4-C7-O9,這是因?yàn)橛捎诜肿娱g的相互作用,在固態(tài)中尼克酸的羧基會(huì)形成O-H…O氫鍵,會(huì)對(duì)羧基的鍵長(zhǎng)和鍵角產(chǎn)生較大的影響,這也是造成均方根偏差明顯增大的主要原因。同時(shí)C4-C7單鍵的鍵長(zhǎng)實(shí)驗(yàn)值比標(biāo)準(zhǔn)的C-C單鍵鍵長(zhǎng)(1.54)明顯縮短,C7-O9鍵長(zhǎng)的實(shí)驗(yàn)值明顯比理論值小,亦可證明O-H…O氫鍵的存在。正是由于固體狀態(tài)中分子間會(huì)形成O-H…O和O-H…N兩種氫鍵,而理論計(jì)算的是單分子的氣態(tài)平衡構(gòu)型,未考慮到氫鍵的影響,所以理論計(jì)算的結(jié)果與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)會(huì)稍微有一些偏差。從表2的計(jì)算結(jié)果可以看到,所有的二面角都是0.0°或180.0°,即羧酸基團(tuán)和吡啶環(huán)是共面的,表明尼克酸分子是平面結(jié)構(gòu)。

4.2振動(dòng)頻率和歸屬

為了對(duì)光譜圖進(jìn)行直觀的比較,我們根據(jù)文獻(xiàn)[24-25]把Gaussian09計(jì)算所得的拉曼活性Si轉(zhuǎn)換為譜峰的強(qiáng)度Ii,其理論和實(shí)驗(yàn)光譜的比較如圖2和3所示。計(jì)算結(jié)果表明尼克酸分子的36個(gè)簡(jiǎn)正振動(dòng)由25個(gè)面內(nèi)振動(dòng)和11個(gè)面外振動(dòng)組成,具有Cs對(duì)稱性,所有振動(dòng)模既有拉曼活性又有紅外活性。為了使密度泛函理論獲得的理論值與實(shí)驗(yàn)值更加吻合,J.P.Merrick等人[26]在充分考慮電子結(jié)構(gòu)、非諧性等影響的基礎(chǔ)上,通過1066個(gè)理論頻率與相應(yīng)實(shí)驗(yàn)頻率的對(duì)比計(jì)算和分析,得出了B3LYP/cc-PVDZ算法的頻率校正因子為0.9717。于是筆者把尼克酸分子的理論計(jì)算頻率與該校正因子相乘,經(jīng)過校正后,計(jì)算值與實(shí)驗(yàn)觀測(cè)值較好的吻合,其中存在的少許差別可能來自于理論模擬的是單分子理想化模型,而實(shí)驗(yàn)測(cè)量的樣品存在分子間相互作用,如表3所示。同時(shí)表3顯示了由簡(jiǎn)正振動(dòng)分析軟件得到的各種基團(tuán)特征振動(dòng)模式的貢獻(xiàn)百分比(勢(shì)能占比大于5%的振動(dòng))。通常自由的O-H鍵伸縮振動(dòng)應(yīng)該出現(xiàn)在3500cm-1以上[27],但在尼克酸中O-H鍵與C=O雙鍵是相連的,在羰基和分子間形成的O-H…O氫鍵的雙重影響下,O-H鍵伸縮的振動(dòng)頻率會(huì)減小。因此在本研究中,我們將位于3416cm-1的紅外峰歸屬為O-H伸縮振動(dòng),是比較合理的。尼克酸分子屬于單取代雜環(huán)芳香烴分子,因此它應(yīng)該有4個(gè)C-H伸縮振動(dòng),且它們均屬于典型的含氮雜環(huán)芳香烴的C-H伸縮振動(dòng),應(yīng)該出現(xiàn)在3100~3010cm-1區(qū)域[27],它們的振動(dòng)相對(duì)獨(dú)立,與其它鍵伸縮或彎曲振動(dòng)之間耦合較小,而本研究中位于3088、3073、3042cm-1的拉曼峰和位于3097、3071、3041cm-1的紅外峰被指認(rèn)為C-H伸縮振動(dòng),與文獻(xiàn)報(bào)道的范圍基本一致;位于1708cm-1的紅外強(qiáng)峰和1694cm-1的拉曼強(qiáng)峰,從勢(shì)能分布的數(shù)值可以看到C=O伸縮振動(dòng)的比例高達(dá)92%,因此被歸屬為C=O伸縮振動(dòng),這與文獻(xiàn)[28]報(bào)道的羧基的特征基團(tuán)C=O伸縮振動(dòng)通常位于1715~1680cm-1是一致的。事實(shí)上,M.Kumar和R.A.Yadav[19]根據(jù)GaussView軟件的動(dòng)畫將位于3414cm-1的紅外強(qiáng)峰歸屬為尼克酸分子的O-H伸縮振動(dòng),將位于3089、3073、3041cm-1的拉曼峰與位于3099、3075、3040cm-1的紅外峰歸屬為C-H伸縮振動(dòng),將位于1711cm-1的紅外強(qiáng)峰和1695cm-1的拉曼強(qiáng)峰歸屬為C=O伸縮振動(dòng),這與我們的歸屬都是一致的,可見對(duì)這種相對(duì)獨(dú)立、耦合較小的振動(dòng),歸屬并不存在爭(zhēng)議,差別在于我們是通過特征基團(tuán)貢獻(xiàn)百分比的數(shù)值進(jìn)行了定量化的歸屬。分子的振動(dòng)是分子中所有原子共同參與的簡(jiǎn)正振動(dòng),很多情況下表現(xiàn)為多個(gè)振動(dòng)耦合的形式。對(duì)于尼克酸分子的振動(dòng),在頻率較低的部分(<1700cm-1),這種耦合現(xiàn)象就很普遍。M.Ku-mar和R.A.Yadav[19]指出對(duì)于這種強(qiáng)烈耦合振動(dòng)的歸屬是非常困難的,因此他們只給出了部分經(jīng)驗(yàn)歸屬,未展現(xiàn)耦合振動(dòng)部分。而本文依據(jù)簡(jiǎn)正振動(dòng)分析方法對(duì)尼克酸分子的振動(dòng)頻率能夠進(jìn)行全面的歸屬,展現(xiàn)了耦合振動(dòng)過程中各基團(tuán)振動(dòng)的貢獻(xiàn)百分比。如:從表3很容易看出來位于1417、1309、1187、1085cm-1處的拉曼峰和位于1416、1297、1186、1088cm-1處的紅外峰歸屬于C-H面內(nèi)彎曲振動(dòng),其中含有C-C伸縮振動(dòng)的成分;位于1002、975、954、812cm-1處的拉曼峰和954、813cm-1處的紅外峰歸屬于C-H面外彎曲振動(dòng);同時(shí)位于1600、1589cm-1處的拉曼峰和1599、1583cm-1處的紅外峰歸屬于C-C伸縮振動(dòng),這與以往文獻(xiàn)[29]報(bào)道環(huán)的C-C伸縮振動(dòng)一般應(yīng)出現(xiàn)在1625~1430cm-1范圍內(nèi)是一致的;位于1321、1242cm-1處的拉曼峰和1322、1243cm-1處的紅外峰歸屬于C-N伸縮振動(dòng),亦耦合有C-C伸縮振動(dòng)成分;位于1115cm-1處的拉曼和紅外峰歸屬于C-O伸縮振動(dòng);位于1031、751cm-1處的拉曼峰和1039cm-1處的紅外峰歸屬于環(huán)面內(nèi)變形,695、387cm-1處的拉曼峰和695cm-1處的紅外峰歸屬于環(huán)面外變形振動(dòng)。與P.Koczoń[16]的理論歸屬相比,差別主要在苯環(huán)上的C-C和C-N伸縮振動(dòng)的歸屬上。P.Koczoń[14]把環(huán)上各鍵的伸縮振動(dòng)統(tǒng)一稱為環(huán)伸縮振動(dòng),沒有具體給出環(huán)上哪個(gè)鍵的伸縮振動(dòng)所占比例更多一些,而我們給出的勢(shì)能分布結(jié)果很清晰的給出了各個(gè)振動(dòng)模式所占的比例。

5結(jié)論

用量子化學(xué)方法計(jì)算了尼克酸分子的4種可能構(gòu)型和相應(yīng)的能量,通過能量的對(duì)比、文獻(xiàn)調(diào)查和實(shí)驗(yàn)的佐證確定了尼克酸分子的最穩(wěn)定構(gòu)型,計(jì)算了最穩(wěn)定構(gòu)型的簡(jiǎn)正振動(dòng)頻率和相應(yīng)的紅外與拉曼強(qiáng)度,并對(duì)各簡(jiǎn)正振動(dòng)頻率進(jìn)行了全面歸屬。尼克酸分子有兩個(gè)氫鍵受體(-N、C=O)和一個(gè)供體(-OH),在固體狀態(tài)下存在O-H…O和O-H…N兩種氫鍵,會(huì)對(duì)其結(jié)構(gòu)和光譜產(chǎn)生一定的影響。M.Kumar和R.A.Yadav[19]曾經(jīng)指出,因?yàn)榄h(huán)上各鍵振動(dòng)之間存在耦合,與取代基的振動(dòng)也存在耦合,因此對(duì)尼克酸的吡啶環(huán)振動(dòng)的歸屬以及與環(huán)相連的C-H鍵振動(dòng)的歸屬都是非常困難的。而本文依據(jù)的簡(jiǎn)正振動(dòng)分析方法,通過比較勢(shì)能分布百分比的方式,可以容易地了解由哪種特征振動(dòng)模式所主導(dǎo),這種定量方法比以往的經(jīng)驗(yàn)歸屬更準(zhǔn)確。P.Koczoń[14]雖然也采用了簡(jiǎn)正振動(dòng)分析方法,但它只給出了部分波段的歸屬,而且沒有具體給出吡啶環(huán)上各振動(dòng)的貢獻(xiàn)比例。本文利用簡(jiǎn)正振動(dòng)分析方法給出了尼克酸分子全部譜帶的勢(shì)能分布,并對(duì)其進(jìn)行了全面的歸屬。尼克酸廣泛用于食品、化學(xué)和醫(yī)藥等行業(yè)中,對(duì)該物質(zhì)分子結(jié)構(gòu)的分析和振動(dòng)頻率的全面歸屬,為與其相關(guān)的藥學(xué)、生物學(xué)等方面的深入研究提供了重要的參考價(jià)值。

作者:陶亞萍 韓禮剛 韓運(yùn)俠 劉照軍 單位:洛陽(yáng)師范學(xué)院物理與電子信息學(xué)院

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